Kabuto est à l'origine un jeune survivant ennemi qui fut recueilli et élevé par le chef des ninjas médecins de Konoha après la sanglante bataille du col des campanules[1]. C'est un espion à la solde d'Orochimaru et son fidèle bras droit. Sa première apparition dans la série remonte à l'examen chūnin, dont il se retire à la dernière épreuve, pour préserver sa couverture (il en était à sa 6e participation et a accumulé de nombreuses informations sur les participants qu'il conserve sur des cartes que lui seul peut lire, grâce à son chakra). Il n'y a participé que pour récupérer des informations sur l'équipe de Naruto Uzumaki et surtout sur Sasuke Uchiwa, dont Orochimaru veut faire son prochain hôte. Il aide Naruto et ses coéquipiers à triompher de la 2ème épreuve, afin qu'ils puissent participer à la phase finale durant laquelle Orochimaru prévoit d'attaquer Konoha et capturer Sasuke. Son maître le dit du même niveau que Kakashi Hatake[2], à qui il révèle son identité. Orochimaru lui ayant donné pour mission de ramener Sasuke de l'hôpital de Konoha[3], il préférera cependant fuir lorsque Kakashi s'interpose[4].
Auparavant, Kabuto était l'homme de main de Sasori qui l'avait envoûté avec une puissante technique. Lors du départ d'Orochimaru de l'organisation Akatsuki, Sasori envoya Kabuto comme agent double chez Orochimaru mais celui-ci libéra Kabuto de l'emprise de son ex-camarade en brisant le sort, puis il en fit son lieutenant[5].
Suite à l'attaque menée par Orochimaru contre Konoha, il est le seul compagnon restant de ce dernier. Il l'aidera à retrouver Tsunade pour guérir ses bras, mais elle n'acceptera pas de les aider. Kabuto montrera sa puissance lors de son combat face à Tsunade, la frappant même plusieurs fois à l'aide de son scalpel de chakra[6], puis à la poitrine, réduisant ainsi sa capacité respiratoire. La kunoichi des Sannin légendaires en sera stupéfaite, reconnaissant même que ses techniques et sa puissance pourraient bien être supérieures aux siennes à leur apogée[7],[8]. Cependant Tsunade riposte en frappant Kabuto à deux reprises, pour porter à son système nerveux une décharge perturbant tous ses mouvements (en commandant un membre, c'est un autre qui bouge). Pendant que Tsunade se soigne des précédents assauts de Kabuto, celui-ci essaie de contrôler son corps et rétablit 80 % de sa mobilité très rapidement, ce qui surprend de nouveau Tsunade[9],[8]. Kabuto, reconnaissant malgré tout la force de Tsunade malgré tant d'années sans entraînement, décidera alors d'utiliser pour abréger le combat son point faible : son hématophobie[8]. Lorsque Jiraya, Naruto et Shizune apparaîssent, Tsunade se précipite sur lui pour en finir ; il se poignarde alors la main, puis profitant de sa tétanisation, envoie la kunoichi au tapis d'un coup de poing[10],[11].
Kabuto combattra alors Naruto, se défaisant sans aucun mal de ses clones, puis Shizune qu'il mettra sans mal hors de combat en lui coupant les tendons des jambes[12]. Alors qu'il s'apprête à frapper Tsunade à nouveau, Naruto s'interpose ; il frappe alors ce dernier au cœur avec son scalpel de chakra, lui laissant peu de chances de survie (il sera cependant sauvé par les soins de Tsunade). Mais avec sa détermination, Naruto bloque la main de Kabuto en se faisant poignarder la sienne et réussit son premier Rasengan qui frappe Kabuto de plein fouet, le laissant hors de combat tellement les soins nécessaires à cette blessure l'ont vidé de son chakra[13].
Lorsque Orochimaru envoie les 4 ninjas du Son chercher Sasuke, Kabuto apprendra certains détails concernant l'Akatsuki. Réalisant le temps que prend Sasuke à revenir, il amènera Kimimaro à effectuer un dernier sacrifice pour son maître. De façon très subtile, il l'enverra combattre une dernière fois pour aider Orochimaru à récupérer son futur hôte.
Dans la seconde partie, lorsque Yamato déguisé en Hiruko (la marionnette principale de Sasori) afin de tromper et appréhender l'espion de Sasori sur le « Pont du Ciel et de la Terre », s'avance sur le pont, il découvre que le fameux espion que Sasori avait placé auprès d'Orochimaru n'est autre que Kabuto. Orochimaru ne tarde pas à apparaître et engage le combat contre Naruto. Dans la confusion Kabuto parvient par la ruse à blesser Yamato, qu'il prenait pour Sasori : Kabuto n'est plus sous le contrôle de Sasori à la surprise de tous. Yamato semble alors penser que Kabuto est sous le contrôle d'Orochimaru mais Kabuto l'arrête et lui dit n'être sous le contrôle de personne et qu'il travaille pour Orochimaru uniquement parce qu'il admire « son travail et ses nobles objectifs »[réf. nécessaire].
Après avoir assisté à la puissance considérablement accrue de Naruto ayant sorti les 4 queues de Kyûbi, Kabuto décide qu'il faut épargner les ninjas de Konoha car il les croit suffisamment puissants pour éliminer quelques membres d'Akatsuki[14]. Kabuto y voit là un intérêt commun entre Konoha et Orochimaru, et va jusqu'à guérir Sakura à distance (ce qui n'avait jamais été vu auparavant).
Kabuto retourne auprès d'Orochimaru. Là, il immobilise Saï en le croyant menaçant, Orochimaru l'arrête et tous trois retournent ensemble à la base d'Orochimaru. Kabuto utilise ses techniques pour ralentir leurs ennemis, en leur faisant croire qu'il a tué Saï.
Kabuto enferme Saï dans la base car il n'a aucune confiance en lui. À ce moment, Kabuto ressent durement les critiques à peine déguisées d'Orochimaru contre lui. Orochimaru semble reprocher à Kabuto de prendre trop d'initiatives personnelles, ce qui fait de lui un bras droit un peu trop imprévisible. Kabuto s'aperçoit alors de la disparition de Saï, qui est tombé aux mains de Konoha. Kabuto parvient à localiser les intrus et à libérer Saï, il décide de faire confiance à Saï vu sa situation de prisonnier. Cependant, Saï, influencé par Naruto, décide d'oublier sa mission secrète et trahit Kabuto en le capturant par derrière. Cela permet à Yamato d'emprisonner Kabuto, qui n'hésite pas à révéler des détails sur la localisation de Sasuke, tout en pensant qu'ils sont voués à une mort certaine dans la base face à Orochimaru. Kabuto parvient à se libérer peu après, juste à temps pour convaincre Sasuke de ne pas tuer les ninjas de Konoha. Kabuto, Orochimaru et Sasuke disparaissent.
Un peu plus tard dans l'histoire, alors qu'Orochimaru souffre atrocement, et que son corps rejette de plus en plus son âme, en dépit des soins de Kabuto, Orochimaru révèle que le moment de prendre possession du corps de Sasuke est venu. Kabuto s'absente dans son laboratoire, afin de préparer un médicament permettant à son maître, très affaibli, de ne pas succomber. Sasuke profite de cette opportunité pour attaquer Orochimaru dans sa chambre. Lorsque Kabuto est de retour, il s'aperçoit que le rituel de transmigration de l'âme a eu lieu. Il a cependant un doute sur l'identité du ninja qui se tient devant lui. Sasuke lui révèle avec une illusion (genjutsu) comment il a pris le dessus sur Orochimaru. Kabuto est horrifié et croit que son maitre est mort, mais en réalité, Orochimaru est prisonnier d'une dimension alternative dans le subconscient de Sasuke.
Dans le chapitre 356, Kabuto est de retour et il rencontre Naruto, Hinata et Yamato pour remettre à Naruto un carnet qui contient des informations sur la plupart des membres d'Akatsuki. Son aspect physique a changé : il a l'œil gauche d'Orochimaru et la partie gauche de son corps est recouverte d'écailles blanches. Ce serait dû au fait, selon lui, qu'il héberge désormais la force vitale (et non l'âme) de son maître : il s'est lui même "greffé" des morceaux du corps d'Orochimaru. Cette greffe tente d'ailleurs de prendre le contrôle du corps de Kabuto, et le ronge ainsi peu à peu lui faisant prendre conscience de la puissance et de l'envie de vitalité de son ancien maître (Hinata, qui a perçu avec son byakugan l'incidence du chakra d'Orochimaru sur le corps de Kabuto affirme que ce dernier est déjà « possédé » à 30%). Il révèle que du fait de son admiration pour Orochimaru, il n'avait jamais cherché à devenir plus puissant que lui auparavant, mais désormais il a décidé de surpasser son ancien maître. Son but est de tuer Sasuke, puis de défier Naruto après avoir maîtrisé la force vitale d'Orochimaru.
Il semble qu'il ait réussi à maîtriser sa greffe tout en restant lui-même, et en récupérant les pouvoirs d'Orochimaru en rapport avec les serpents. Il possède maintenant les yeux d'Orochimaru avec les marques violettes autour, et le haut de son visage a une texture écailleuse. Il porte cependant toujours des lunettes, et a conservé ses propres cheveux qui tombent maintenant jusque dans son cou[15].
Il se rend alors auprès de Madara, dévoilant à cette occasion sa maîtrise de la « Réincarnation des âmes » qu'il a développée jusqu'à faire siens les corps de tous les membres décédés d’Akatsuki, ainsi qu'un 6e protagoniste encore inconnu à ce jour, mais lié à un secret de Madara Uchiwa. Il affirme toutefois n'être pas venu pour se battre mais pour s'allier à Akatsuki[16]. Il part ensuite capturer Naruto afin de gagner la confiance de Madara et récupérer Yamato pour l’étudier par la même occasion. Il enlève ce dernier lors de l'attaque de l’île[17].
Tel Orochimaru, Kabuto s’est transformé au point que sa véritable apparence est un serpent doté de bras. Même sous sa forme humaine, il ne possède pas de jambes : celles-ci sont remplacées par une queue dotée de plusieurs pattes qui se termine par une tête de serpent[17].
En préparation à la guerre, il invoque avec sa technique de la « Réincarnation des âmes », en plus des membres d’Akatsuki (Itachi, Sasori, Deidara, Kakuzu et Nagato), les anciens hôtes des démons à queues (Yugito, Yagura, Rôshi, Han, Utakata et Fû), les anciens kage, ainsi que d’autres ninjas connus pour leur puissance (Zabuza Momochi et les six autres épéistes légendaires de Kiri de la dernière génération, Haku, Asuma Sarutobi, Chiyo, Kimimaro Kaguya, Hizashi Hyûga, Dan, Hanzô, Pakura, Gari…).