Nagato est le ninja qui contrôle Pain (le leader officiel d'Akatsuki), bien que ce soit lui qui s'exprime à travers les six corps, Nagato n'est pas Pain car ce nom ne désigne que les six cadavres que Nagato manipule dans l'ombre. Il siège généralement dans le village caché d'Ame (Pays de la Pluie) qu'il dirige à travers Pain.
Dans le chapitre 443, Nagato déclare : « Le dernier Pain a été détruit », ce qui prouve encore une fois que le nom Pain ne désigne que les six corps que Nagato manipule à distance, mais en aucun cas Nagato lui-même. Cela dit, Konan désigne Nagato comme étant le « 7e Pain ». Il se sacrifiera en redonnant la vie à tous ceux de Konoha qui l'ont perdue par sa faute et repose tous ses espoirs sur Naruto en partant comme l'avait fait Jiraya avant lui.
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